यह मंदिर कृष्ण को समर्पित है । ऐसा माना जाता है कि एक रात, राजा गोपाल सिंह को भगवान ने स्वप्न में निर्देश दिया कि मुगल बादशाह औरंगजेब द्वारा वृंदावन के मंदिरों पर आक्रमण से पहले , वे अपनी मदन मोहन मूर्ति को वृंदावन से राजस्थान ले आएँ । निर्देशानुसार, करौली के राजा रातोंरात मदन मोहन की मूल मूर्ति अपने साथ ले आए और करौली में इस मंदिर का निर्माण करवाया। [ 1 ]

यह भी कहा जाता है कि मुगलों से कृष्ण की मूर्तियों की रक्षा के लिए वृंदावन से दो मूर्तियाँ लाकर एक को करौली और दूसरी को जयपुर में स्थापित किया गया था । ऐसा कहा जाता है कि गोवर्धन यात्रा पूरी करने के लिए मदन मोहन मंदिर और गोविंद देव जी मंदिर के दर्शन करना अनिवार्य है ।